微生物被拟为土壤养分循环的“转化器”、环境污染物的“净化器”、陆地生态系统稳定的“调节器”。可以说，没有土壤微生物，土壤就失去了活性，就没有了生产能力。
然而，我国农业长期过度地依赖化肥，导致土壤中大量的有益微生物菌群遭到破坏，土壤活性下降，最直观的表现就是蚯蚓的缺失。因此，要改善当前土壤生态质量，提高土壤生物肥力，当务之急就是补充土壤有益微生物，施用微生物肥料是最直接的有效方法。
微生物肥料种类
农业部批准登记的微生物肥料产品共有九个菌剂类品种和两个菌肥类品种。
九个菌剂：根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂。
微生物菌剂具有直接或间接改良土壤、恢复地力、维持根际微生物区系平衡、降解有毒有害物质等作用。
两个菌肥：复合微生物肥料是把无机营养元素、有机质、微生物菌有机结合于一体，体现无机化学肥料、有机肥料及微生物肥料的综合效果。是化解土壤板结现象、修复和调理土壤，提高化学肥料利用率，提高果实品质及产量的首推肥料。
生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
微生物肥料施用方法
微生物肥料具有生态适应性，施用时应依据当地生态状况、作物品种、土壤类型和耕作方式等确定具体施用方式和施用量，以达到较佳的作用效果。
微生物肥料可用作基肥、追肥、沟施或穴施，还可拌种、浸种、蘸根。
生物有机肥一般作基肥、种肥、追肥。
农用微生物菌剂除作基肥、种肥、追肥外，还可叶面喷施等。
农用微生物菌剂
主要用作基肥、追肥、育苗肥。固态菌剂一般用量2公斤/亩左右，与40-60公斤有机肥混合均匀后使用。在作物育苗时，可将固态菌剂掺入营养土中拌土，混均后装入营养钵中育苗；亦可将菌剂稀释10-20倍液拌种、蘸根、喷根；按1比100比例稀释后用于灌根、冲施；稀释500倍液进行叶面喷施。
复合微生物肥
用作基肥10-20公斤/亩，同有机肥或农家肥一起施入；作追肥10-20公斤/亩，作物生长期追施；叶面喷施，稀释500倍叶面喷施。
生物有机肥
作基肥100公斤/亩，同农家肥一起施入；作追肥比化肥提前7-10天左右，可参照化肥追肥用量施入。
微生物肥料使用注意事项：微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有机肥严格，要注意使用条件，严格按照说明书操作，否则难以获得良好效果。
1、微生物肥料对土壤条件要求比较严格。一般菌肥中的生物菌在土壤18℃-25℃时生命活动最为活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，微生物肥料使用需注意土壤温度，调节好土壤湿度。
2、注意施肥时期。微生物肥施入土壤后，生物菌需要一个适应、生长、供养、繁殖的过程，一般在15天后可发挥作用。如果作追施，在作物的营养临界期前施用。施用时间适宜在清晨和傍晚或无雨阴天，这样可避免阳光中的紫外线将微生物杀死。避免在高温、干旱条件下使用。
3、微生物肥料不能长期泡在水中，在水田施用应干湿灌溉，促进生物菌活动。以好气性微生物为主的产品，则尽量不要用在水田。
4、微生物菌剂在施足有机肥基础上效果佳。如果土壤中的有机质供应充足，生物菌就会大量繁殖，抑制有害菌。反之，生物菌就会因食物缺乏而死亡。因此，作物定植前一定要施足有机肥。
5、微生物肥料可单独使用，也可与其它肥料混合使用。但微生物肥料应避免与未腐熟的农家肥混用，否则，会因农家肥发酵产生的高温杀死微生物而影响肥效。此外，避免与过酸、过碱的肥料混用。
6、避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及草木灰混合用。不用拌过杀虫剂、杀菌剂的工具装微生物肥料。
7、微生物肥料不宜久放，拆包后要及时施用，注意产品保质期。
